公司李钢教授团队与中国科学院昆明动物研究所吴冬冬研究员团队在Science子刊Science Advances在线发表了题为“How Genomic Insights into the Evolutionary History of Clouded Leopards Inform Their Conservation”的研究论文。
该项研究采用高通量测序技术，通过对我国一级保护物种云豹进行了全基因组测序分析，获得了高质量染色体水平的云豹基因组。这项研究通过比较基因组学和基因组群体遗传学分析方法，深入解析了云豹这一古老的现存猫科动物的演化历史。通过比较基因组分析，该研究发现云豹适应雨林生存的基因、基因组演化机制，例如有助于云豹在树木上保持平衡的长尾，云状斑纹的皮毛，以及云豹所具有的猫科动物中最长的犬齿。
图1云豹系统发育关系
云豹这一大型猫科动物具有高度的濒危性。因受到人类活动以及其他自然因素的影响，包括狩猎、栖息地的丧失和破碎化等，云豹种群数量锐减，当前全球种群数量约为五千只。该项研究发现，不同于其他大型猫科动物（例如虎，豹和狮子等），云豹具有长期的独立演化机制，其基因组具有高度的独立性，与其他猫科动物相比云豹的基因组渐渗水平极低。另外通过对云豹种群基因组的分析发现生云豹种群在遗传上具有高频的与生殖相关的有害突变。保护遗传学相关检验发现云豹种群的基因组杂合度很低，并且具有较高的近交水平。这些都揭示了对云豹这一重要大型猫科物种遗传保护的迫切性。现生云豹属动物包括大陆云豹和巽它云豹两个物种，该项研究揭示两者的分化时间约为230万年，物种分化的主要原因是冰期影响和海平面变化产生的东南亚路桥消失。大陆云豹可分为两个遗传群体，两者在一万年前产生分化，其中遗传差异最显著的变化发生在高海拔适应和皮毛颜色等相关基因上。
图 2 云豹适应性进化遗传机制分析
图 3 云豹遗传多样性的丢失
该项研究第一作者是公司博士研究生袁嘉庆，另外王贵强硕士、赵乐博士后以及苏格兰国家博物馆的Andrew Kitchener教授为共同第一作者。李钢教授与吴东东研究员为论文共同通讯作者。此项研究合作单位还包括陕西理工大学、广州动物园，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所等。该研究得到了国家自然科学基金、陕西省自然科学基金的支持。
