水生生物学专业主要在水生动物学、鱼类寄生虫学和淡水生物利用等三个方向开展科学研究工作，在水生两栖类、水生爬行类、水生昆虫、缓步动物和鱼类寄生虫等方面的研究在国内外相关研究领域已有一定学术影响，特别是在缓步动物和单殖吸虫纲三代虫科的生物学及分类学、大鲵生物学、水生两栖动物谱系地理学等方面的研究处在国内领先水平。在大鲵人工繁育、鱼病无公害防治等生产和社会服务等方面也做出了较为突出的工作。
近年来主持国家自然科学基金4项，省部级科研项目6项。发表学术论文50余篇，出版专著4部。“中国大鲵仿生态人工驯养繁殖模式试验研究”、“大鲵规模化繁育技术应用与推广”等科研成果分别获得陕西省科学技术奖三等奖和陕西省农业技术推广成果奖二等奖等奖励。
该学科目前有教授3人，副教授2人，讲师2人。2007年开始招收水生生物学硕士研究生，2013年开始招收水生生物学博士研究生。
